Služba za Higijenu i Zdravstvenu ekologiju obavlja slijedeće poslove:

Utvrđuje zdravstvene potrebe i predlaže programe mjera zdravstvene zaštite.

Radi na ugovorenim projektima iz područja zdravstvene ekologije (zdrava ishrana raznih populacijskih grupa sa posebnim akcentom na trudnice i djecu do 1 godine života.

Prati, analizira i ocjenjuje utjecaj okoliša (voda, zrak, tlo, buka) na zdravstveno stanje stanovništva na području HNK/Ž.

Prati, proučava i ocjenjuje zdravstvenu ispravnost i kvalitet vode za piće, površinske vode, i stanje vodosnadbjevanja.

Prati, analizira i ocjenjuje utjecaj voda za kupanje, rekreaciju i sport na zdravstveno stanje stanovništva.

Prati, proučava i ocjenjuje zdravstvenu ispravnost i kvalitet namirnica i predmeta opšte upotrebe;

Provodi zdravstveni nadzor nad proizvodnjom i prometom namirnica i predmeta opšte upotrebe.

Organizuje promotivno-edukativne aktivnosti (u prehrambenoj industriji, školama, obdaništima, ugostiteljstvu i dr.).

Obavlja poslove iz oblasti ekotoksikologije.

Provodi javno zdravstvenu mikrobiološku djelatnost od interesa za HNK/Ž.

Provodi i organizuje međulaboratorijske usporedne testove na nacionalnom i međunarodnom nivou, te obavlja potvrdne analize.

Provodi stručne poslove utvrđene programom rada Zavoda.

Provodi projekte, programe i aktivnosti iz područja javnog zdravstva.

Vrši stalno unaprijeđenje sistema kvalitete u skladu sa BAS EN ISO/IEC 17025.

Sudjeluje u školovanju iz područja javnog zdravstva.

Sudjeluje u provedbi stručnih i naučnih istraživanja, surađuje sa Federalnim i kantonalnim ministarstvima zdravstva i zavodima za javno zdravstvo, sanitarnom i tržišnom inspekcijom, te Agencijom za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine.

U sastavu Službe za higijenu i zdravstvenu ekologiju su:

1. Odjel za sanitarnu hemiju.

2. Odjel za sanitarnu mikrobiologiju